Avogadro – vizualizirajte molekule i kemijske spojeve

Avogadro je besplatni digitalni alat otvorenog koda koji služi za vizualizaciju, izradu i uređivanje molekula. Dostupan je kao program za Windows, Linux i MacOS X operativni sustav, ali nema verzija za mobilne uređaje ili mrežne preglednike. Namijenjen je za primjenu na području kemije, bioinformatike, modeliranja molekula, istraživanja materijala, medicinu i slična područja. Alat je primjenjiv u nastavi kemije, ali i biologije. Zbog toga može se koristiti u školama, na fakultetima, ali i u znanstveno istraživačkim krugovima ili institutima. Iako alat ima jednostavno i intuitivno sučelje, korisnici će trebati izdvojiti vrijeme kako bi se upoznali i savladali funkcionalnosti koje Avogadro omogućava. Mrežno sjedište svim korisnicima omogućava detaljan i jasan priručnik  s uputama o funkcionalnostima i korištenju alata. Budući da je Avogadro besplatan i otvorenog koda, entuzijasti koji se razumiju u programiranje mogu doprinjeti razvoju alata različitim unaprijeđenjima i dodacima. Avogadro se sučelje može postaviti na različite svjetske jezike, a zajednica kojoj se korisnici mogu priključiti, sudjeluje u prevođenju alata na jezike koji nisu često korišteni. Alat podržava uvoz različitih vrsta podataka specifičnih za područje kemije kao što je Open Babel. Također omogućava unos različitih podataka za računalnu kemiju, kristalografiju i biomolekule. Dostupno je i izravno učitavanje iz baze podataka proteina (PDB) i baze podataka kemijskih molekula (PubChem). Glavne su funkcionalnosti alata izrada različitih spojeva uz pomoć odabira molekula pojedinih kemijskih elemenata, uređivanje postojećih struktura i kemijskih spojeva, automatska geometrijska optimizacija struktura spojeva i molekula. Uključene su razne molekularne mehanike ograničenja i pretraživanje konformera, vizualni prikaz vibracija i iscrtavanje vibracijskog spektra. Omogućena je animacija izrađenih prikaza, definiranje različitih načina prikaza spojeva i pojedinih molekula. Istaknuta funkcionalnost razni su dodaci i proširenja u alatu koja omogućavaju dodatne prikaze i definiranje struktura, npr. prikaz DNA i RNA i mogućnost generiranja za Gauss, GAMESS i MOLPRO paketa kvantne kemije. Korisnik svoje datoteke može spremiti u nekom od formata za pohranu podataka iz kemije, ali može ih pohraniti kao slike, vektore i sl.

Avogadro video upute

Avogadro u nastavi

Ovaj alat traži od nastavnika da izdvoji vrijeme kako bi savladao funkcionalnosti i upoznao se s mogućnostima koje alat pruža. Nastavnicima će kemije Avogadro oomogućiti da svojim učenicima prikažu izgled raznih spojeva o kojima uče i na taj način potaknuti njihovu zainteresiranost zbog atraktivnog vizualnog prikaza. Mogućnost uvoza iz različitih baza podataka nastavnicima omogućava učitavanje već postojećih kemijskih spojeva i molekula. Uz pomoć Avogadro alata nastavnici mogu prikazati ne samo spojeve i molekule, već veze između njih i što se događa kada se spajaju dva kemijska elementa. Kako bi potaknuli učenike na bolje razumijevanje i upoznavanje sa sadržajima iz kemije, nastavnici mogu zadacima i zadaćama omogućiti samostalno istraživanje unutar alata. Područje biologije također je pokriveno i nastavnici biologije učenicima mogu vizualno prikazati DNA i RNA stukture. Prednost je što se datoteke mogu pohraniti kao slike pa ih nastavnici mogu koristiti kao materijale za ponavljanje, ali i kao sadržaj za testove.

 

Daljnji izvori i upute

https://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/1758-2946-4-17

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3542060/

Share on LinkedIn0Share on Facebook55Share on Google+0Pin on Pinterest0Tweet about this on TwitterShare on Tumblr0